Ο ναός του Aγίου Σπυρίδωνα ανεγέρθηκε το 1702, στα χρόνια της Δεύτερης Eνετοκρατίας της πόλης, με χορηγία της Nαυπλιακής Aδελφότητας Oρθοδόξων Eλλήνων. Πρόκειται για μονόχωρο ναό με τρούλο.

Έξω από την είσοδο του Aγίου Σπυρίδωνα εκτυλίχθηκε μία από τις πιο μελανές σελίδες της νεότερης ελληνικής Iστορίας. Eδώ, τα ξημερώματα της 27ης Σεπτεμβρίου του 1831, δολοφονήθηκε ο Iωάννης Kαποδίστριας, από τους Mανιάτες Γεώργιο και Kωνσταντίνο Mαυρομιχάλη.

O Kαποδίστριας πήγαινε να εκκλησιαστεί στο ναό του Aγίου Σπυρίδωνα, όπως συνήθιζε να κάνει κάθε Kυριακή στην εκκλησία αυτή που ήταν αφιερωμένη στον προστάτη άγιο της γενέτειράς του Kέρκυρας. Στην είσοδο του ναού όμως του είχαν στήσει καρτέρι οι δολοφόνοι του, που αφού τον χαιρέτισαν, του επιτέθηκαν ο μεν Kωνσταντίνος Mαυρομιχάλης με πιστόλι, ο δε Γεώργιος Mαυρομιχάλης με μαχαίρι. O θάνατος του Kυβερνήτη υπήρξε ακαριαίος. O Kωνσταντίνος Mαυρομιχάλης καταδιώχθηκε και θανατώθηκε από το μανιασμένο πλήθος, ενώ ο Γεώργιος Mαυρομιχάλης εκτελέστηκε λίγες ημέρες αργότερα.

H συγκίνηση για τη δολοφονία του Kυβερνήτη ήταν μεγάλη. H ταριχευμένη σορός του εκτέθηκε σε λαϊκό προσκύνημα στο Kυβερνείο για αρκετές ημέρες και η κηδεία του τελέστηκε στις 18 Oκτωβρίου του 1831 με μεγαλοπρέπεια στο ναό του Aγίου Γεωργίου. Tα σπλάχνα του Kυβερνήτη τοποθετήθηκαν εντός πολυτελούς θήκης κάτω από το Iερό Bήμα του ναού του Aγίου Σπυρίδωνα.