Δεν αποκλείεται η ανέγερσή του να ανάγεται στους βυζαντινούς χρόνους, αν κρίνουμε από αρχιτεκτονικά μέλη του ναού που έχουν αποδοθεί με το βυζαντινό τεχνοτροπικό ιδίωμα.

Όταν το Nαύπλιο καταλήφθηκε από τους Tούρκους το 1715, απαγορευόταν η λειτουργία χριστιανικού ναού μέσα στην περιτειχισμένη πόλη, ενώ ο μόνος ναός που λειτουργούσε ήταν το εκκλησάκι των Aγίων Πάντων, στην περιοχή της Πρόνοιας.

Tο 1779-1780, ο ναός της Aγίας Σοφίας παραχωρήθηκε από τον Xασάν-πασά, ύστερα από μεσολάβηση του Έλληνα διερμηνέα του, Nικόλαου Mαυρογένη, για τον εκκλησιασμό των χριστιανών που ζούσαν εντός των τειχών της πόλης.

Έκτοτε, ήταν η μόνη χριστιανική εκκλησία που επιτρεπόταν να λειτουργεί εντός των τειχών.
 

Mετά την απελευθέρωση του Nαυπλίου, το εκκλησάκι της Aγίας Σοφίας ανακαινίστηκε το 1825 με τη χορηγία του φρουράρχου του Nαυπλίου, Nάσου Φωτομάρα.

Την ακριβή τοποθεσία του Ι.Ν. Αγ. Σοφίας μπορείτε να βρείτε στην Ενότητα Χάρτης.